Quelques dates clés du projet
Le projet BreedWheat est un projet de 9 ans, permettant ainsi d’aller jusqu’à la caractérisation de populations développées dans le projet. Différents évènements, résultats et ressources marquent le déroulement du projet, en voici un aperçu :
Septembre 2011
Le projet BreedWheat est lancé !
Le projet Investissements d’Avenir BreedWheat démarre officiellement les jeudi 29 et vendredi 30 Septembre 2011 à Clermont-Ferrand, en présence des 28 partenaires, des financeurs et de la presse.
Août 2012
Sélection d’un panel de 4 600 blés représentant la diversité mondiale
Cet échantillonnage est réalisé parmi les 11 960 blés tendres originaires de 108 pays et présents dans la collection du Centre de Ressources Biologiques Céréales à paille INRAE Auvergne Rhône-Alpes (www6.clermont.inra.fr/umr1095/crb). Les informations concernant ces accessions sont intégrées dans la base de données INRAE Siregal (https://urgi.versailles.inra.fr/siregal/). La liste de ces accessions est disponible sur demande à breedwheat@inra.fr
Février 2013
Conception d’une puce de génotypage contenant plus de 420 000 marqueurs SNP
BreedWheat développe l’une des plus importantes puces de génotypage jamais développée chez le blé grâce à la technologie Axiom de la société Affymetrix. Une partie de cette puce, 280 000 marqueurs SNP, est mise à la disposition de la communauté scientifique internationale.
Août 2014
Développement d’une plateforme pour l’inférence de réseaux de régulation des gènes
La plateforme RulNet permettant l’inférence de réseaux de régulation des gènes (http://rulnet.isima.fr/) est développée (Vincent et al., 2015).
Mai 2013
Un nouveau coordinateur pour le projet
Catherine Feuillet ayant assuré le montage de ce projet et son démarrage part pour de nouveaux horizons. Jacques Le Gouis d’INRAE GDEC lui succède en tant que coordinateur.
Juin 2015
Production des données de génotypage sur plus de 7 000 lignées de blé
La puce de génotypage BreedWheat, contenant 420 000 marqueurs, permet de caractériser plus de 7 000 lignées de blé regroupant aussi bien des variétés élites que des ressources génétiques. Ce génotypage est réalisé sur la plateforme de génotypage à haut débit, Gentyane (http://gentyane.clermont.inra.fr/), du centre INRAE Auvergne Rhône-Alpes.
Août 2015
Production d'une première vague de neuf populations recombinantes
Une première vague de neuf populations recombinantes est produite afin d'introgresser des caractères d'adaptation aux stress hydrique et thermique dans le matériel de sélection français.
Septembre 2015
Développement d’un outil permettant de conduire une sélection génomique
Une chaîne d’analyse, appelée BWGS (BreedWheat Genomic Selection), basée sur des bibliothèques ouvertes de R, est réalisée. Elle permet de tester différentes méthodes pour construire et valider des modèles de sélection génomique. Une notice d'utilisation est rédigée conformément aux règles CRAN, en vue de sa mise à disposition dans un entrepôt de logiciels.
Novembre 2015
Une conférence internationale réunit les chercheurs de la communauté scientifique blé à Clermont-Ferrand
A l’initiative du projet BreedWheat, une conférence internationale, appelée IWIW (International Wheat Innovation Workshop), est organisée à Clermont-Ferrand les 16 et 17 novembre 2015. Les détails du programme, les photos et présentations sont disponibles sur le site web dédié à cet évènement : https://colloque.inra.fr/iwiw
Novembre 2015
Le projet est évalué à mi-parcours
Les membres du comité scientifique international de BreedWheat évaluent l’avancement du projet lors de sa 4ème réunion annuelle. Ils se déclarent globalement impressionnés par les avancées du projet.
Janvier 2016
Production de la séquence annotée du chromosome 1B
Grâce au partage de la séquence du chromosome 1B avec l’IWGSC (International Wheat Genome Sequencing Consortium), le projet BreedWheat a contribué à la production de la séquence de référence du génome entier du blé tendre.
Août 2016
Construction d’une carte génétique comprenant 307 270 loci
Les données de génotypage ont été utilisées pour construire une carte génétique consensus comprenant 307 270 loci, l’une des cartes génétiques avec la plus haute densité jamais produites chez le blé.
Mai 2016
Collecte et formatage des données de phénotypage des essais réalisés en 2012, 2013 et 2014
Vingt-sept expérimentations ont été conduites, entre 2012 et 2014, sur 220 variétés de blé (appelé panel élite BWP2) pour évaluer leurs tolérances à une carence en azote, à la sécheresse et aux maladies (septoriose et fusariose). Ces données couplées aux données de génotypage permettent de réaliser des analyses d’association (GWAS).
Mai 2016
Développement d’un modèle carbone-azote
Un modèle écophysiologique carbone-azote capable de simuler la période post-floraison du blé est achevé et évalué par rapport à des données expérimentales (Barillot et al., 2016A ; Barillot et al., 2016b). Le logiciel est disponible sur la plateforme SourceSup sur demande aux auteurs.
Septembre 2016
Sélection d’un panel de diversité de 450 blés
Un panel de 450 accessions d’hiver (appelé panel diversité ou encore BWP3) est sélectionné parmi les 4 600 lignées représentant la diversité mondiale. La liste de ces accessions est disponible sur demande à breedwheat@inra.fr.
Avril 2017
Des études d'association (GWAS) couplant données de génotypage et de phénotypage sont produites
Des études d'association liées aux données de phénotypage obtenues sur le panel élite BWP2 au cours des expérimentations effectuées en 2012, 2013, 2014 concernant les tolérances à une carence en azote, à la sécheresse et aux maladies (septoriose et fusariose) sont conduites.
Septembre 2017
Conception d'une puce de génotypage contenant 35 000 marqueurs SNP
BreedWheat développe une puce de génotypage à faible densité (sur la base de la puce à 420 000 marqueurs) pour permettre un débit plus élevé et un génotypage moins coûteux. Cette puce développée grâce à la technologie Axiom figure au catalogue de la société Affymetrix et est disponible à la communauté scientifique internationale (https://www.thermofisher.com/fr/fr/home/life-science/microarray-analysis/affymetrix.html).
Octobre 2017
Classement des variétés d'un panel élite en fonction de leur tolérances à une carence en azote
Un classement des 220 variétés du panel élite BWP2 selon leurs tolérances à une carence en azote est réalisé à partir des essais réalisés en 2012, 2013 et 2014. Les indices de tolérance sont calculés pour le rendement et la concentration en protéines.
Mars 2018
Une nouvelle conférence internationale réunit les chercheurs de la communauté scientifique blé à Clermont-Ferrand
A l'initiative du projet BreedWheat, une conférence internationale, appelée IWIW2 (2nd International Wheat Innovation Workshop), est organisé à Clermont-Ferrand le 22 mars 2018. Les détails du programme, les présentations et la synthèse des priorités de recherche identifiés sont disponibles sur https://breedwheat.fr/actualites/2eme-conference-internationale-de-bw/.
Juillet 2018
Production des données de génotypage sur les neuf populations recombinantes
La puce de génotypage BreedWheat, contenant 35 000 marqueurs, permet un génotypage fin et à moindre coût des neuf populations recombinantes. Ce génotypage est réalisé sur la plateforme de génotypage à haut débit, Gentyane, du centre INRAE Auvergne Rhône-Alpes (http://gentyane.clermont.inra.fr/). Ces données permettent de sélectionner les parents d'une nouvelle vague de production de populations recombinantes.
Août 2018
La séquence de référence du génome du blé tendre est publiée dans la revue Science
Le projet BreedWheat contribue significativement à la séquence de référence du génome du blé tendre, publiée dans Science en août 2018, en fournissant à l'IWGSC la séquence du chromosome 1B ainsi qu'une carte génétique comprenant 307 270 loci (https://breedwheat.fr/resultats/publications/).
Octobre 2018
Des listes de gènes candidats liés à l'utilisation de l'azote, au stress thermique et à la réponse à la septoriose et à la fusariose sont produites
Des listes de gènes candidats, liés à l’utilisation de l’azote, au stress thermique et à la réponse à la septoriose et à la fusariose sont produites et utilisées pour capturer des séquences dans plus de 700 accessions.
Octobre 2018
Une version améliorée du modèle Septo 3D est produite
Le modèle Septoria blé a été évalué pour différentes séquences climatiques et il montre une très bonne capacité à simuler le développement de la maladie. Une analyse de sensibilité a ensuite permis d'identifier des caractères variétaux modifiant son développement.
Avril 2019
Une liste de régions génomiques liées à des caractères d'intérêt est produite
Une liste de régions génomiques liées à des caractères d'intérêt est produite en couplant 11 essais sous contraintes biotiques et abiotiques réalisés sur le panel diversité BWP3 (450 accessions) en 2016/2017 et les données de génotypage obtenues sur ce même panel.
Avril 2019
Le projet BreedWheat est prolongé d'un an !
Les partenaires du projet se sont accordés pour demander une prolongation de programme scientifique d’un an (jusqu’ au 31 décembre 2020) afin de fournir des livrables de qualité et de valoriser les ressources obtenues dans le cadre du projet. L’ANR a accepté cette demande de prolongation et les avenants aux conventions attributives d’aide sont signés.